El lapidario informe elaborado por la Auditoría General del Poder Ejecutivo (AGPE) durante el gobierno de Fernando Lugo detectó un perjuicio de 37 millones de dólares en la gestión de Efraín Alegre en el Ministerio de Obras Públicas y Comunicaciones (MOPC), tan solo entre el año 2010 hasta junio del 2011, cuando el ex presidente destituyó al actual candidato de la Concertación. Luego, el presidenciable liberal traicionaría al ex obispo al respaldar abiertamente el voto “por la condena” en el juicio político contra Lugo en junio del 2012.
El ex viceministro de Obras Públicas Leoncio Rojas, quien asumió el cargo tras el raje de Alegre del gobierno liderado por el Frente Guasu, confirmó que Efraín dejó un “antecedente horrible, nefasto” y criticó duramente sus actuales aspiraciones presidenciales: “Es una obligación ciudadana denunciar lo que pone en peligro al país y realmente son impensables las consecuencias que puede traer (de convertirse Alegre en presidente del país). Por lo que vi en el Ministerio, imagino lo que puede ser el Paraguay 30 días después de asumir este energúmeno la Presidencia”, dijo en el programa “Cara o cruz”, emitido por Unicanal.