Durante su gobierno Fernando Lugo premió a sus "camaradas" de partidos de izquierda e inclusive a varios activistas del Partido Patria Libre (PPL) con jugosos cargos en ministerios y en las entidades binacionales Itaipú y Yacyretá. Referentes de agrupaciones socialistas que conformaron la Alianza Patriótica para el Cambio fueron designados en funciones claves dentro del Gabinete.
Los militantes del PPL –cuya escisión dio origen al grupo criminal Ejército del Pueblo Paraguayo (EPP)– fueron beneficiados durante la era Lugo. Uno de los favorecidos fue el abogado Óscar Ayala Amarilla, quien por decreto número 7.298 fue nombrado titular del Instituto Nacional del Indígena (INDI) en diciembre del 2011.
Ayala Amarilla reconoció a medios de prensa que ejerció la defensa de atracadores del BNF, en Choré (1997), entre los que se encontraban Carmen Villalba y Alcides Oviedo. Otras publicaciones refieren que también asistió a Juan Arrom y Anuncio Martí, acusados del secuestro de María Edith Bordón (2001) y por cuyo rescate se había pagado un millón de dólares.
Lugo también "distinguió" al abogado Constancio Mendoza Ortiz, ex candidato Nº1 del PPL por Cordillera (2003), como director administrativo de la Itaipú Binacional (01/02/2010). Otro candidato a diputado (suplente Nº1) del PPL en Central, abogado Víctor René Villasboa, ingresó como funcionario permanente de la Cámara de Senadores.
A Ramón Roberto Colmán Fernández, ex candidato Nº1 a concejal por la lista que postuló a Ricardo Canese a intendente de Asunción (2010), el ex obispo de San Pedro lo nombró como miembro del Consejo de Administración de Yacyretá.
CUPOS PARA EL P-MAS
El Partido del Movimiento al Socialismo (P-Mas) obtuvo también importantes cupos de poder en el gobierno de Lugo. Como titular de la Secretaría de Emergencia Nacional (SEN) fue nombrado Camilo Soares, quien fue separado del cargo por presuntas irregularidades administrativas (caso "coquito de oro").
Al frente del Ministerio de Relaciones Exteriores estuvo el médico terapista Héctor Lacognata (P-Mas), removido por denuncias de cobro indebido de honorarios en Itaipú. Lacognata apareció como vocero de un equipo médico que supuestamente constató que Juan Arrom y Anuncio Martí habían sido torturados en el 2002. En ese momento había una intensa búsqueda de María Edith Bordón de Debernardi, quien había sido secuestrada el 16 de noviembre del 2001.
El P-Mas también logró el nombramiento de Karina Rodríguez al frente del Viceministerio de la Juventud. Se trata de un partido que defiende ideas socialistas y se fundó en el 2006 con estudiantes, obreros y sectores populares. Se unió a la Alianza Patriótica para el Cambio (APC) para llevar al poder a Fernando Lugo. Después integró el Frente Guasu, fundado en el 2010 y actualmente integra la coalición de partidos de izquierda llamada Avanza País.
PARTIDARIOS DE TEKOJOJA
Lugo también privilegió a Miguel López Perito, uno de los fundadores del Partido Tekojoja, integrante de la APC. Lo nombró como ministro-secretario general de la Presidencia de la República.
Asimismo, al ex sacerdote Pablino Cáceres lo designó como titular de la Secretaría de Acción Social, con rango de Ministerio. Cabe destacar que Cáceres estuvo como párroco y tuvo un rol importante como capacitador de jóvenes de la Pastoral Social en el departamento de Concepción.
Esperanza Martínez, sospechada de haber sido parte del equipo médico que asistió a Arrom y Martí, fue designada como ministra de Salud. Lugo confió también el Ministerio del Interior a Rafael Filizzola , quien había sido asociado a integrantes del EPP, debido a la publicación de una fotografía suya junto a Gustavo Lezcano y Lucio Silva, integrantes de la banda de Choré. Filozzola nunca reconoció vinculación alguna con actividades de componentes del EPP.
Patria Libre, P-MAS y Tekojoja –fueron puntales de la candidatura de Fernando Lugo y lo llevó al poder en abril del 2008.