Según el informe de la Contraloría General de la República, hay un gran déficit en cuanto al manejo de la Fonacide por parte de varias municipalidades. Algunos no han realizado su rendición de cuentas y otros no supieron hacer buen uso de esos recursos.
El total de los recursos transferidos por el Ministerio de Hacienda a los gobiernos departamentales y organismos municipales provenientes del Fondo Nacional de Inversión Pública y Desarrollo (FONACIDE) desde el 2013 al 30 de junio de 2019 fue de ₲. 2.914.156.975.287. Se transfirieron ₲ 622.289.933.429, a los 17 departamentos, de los cuales 12 presentaron una valoración deficiente en su calidad de gestión. En tanto que a los municipios le fueron otorgados ₲ 2.291.867.041.858.
La Contraloría constató que el 88% de los departamentos presentó una valoración de la calidad de gestión deficiente. Esto indica que la institución analizada se encuentra por debajo de los niveles esperados, por lo que se infiere que el control interno no está sistematizado y que pocos o nulos elementos del Sistema de Control Interno (SCI) se encuentran definidos.
Concepción, San Pedro, Cordillera, Guairá, Misiones, Paraguarí, Alto Paraná, Ñeembucú, Amambay, Canindeyú, Boquerón y Alto Paraguay, son las gobernaciones con valoración en la calidad de gestión deficiente.
Al cierre del plazo de presentación, el 16 de setiembre de 2019, de las 255 municipalidades existentes en el país, 233 de ellas presentaron su respectiva rendición de cuentas a la Contraloría General de la República, mientras que 39 municipios, no lo hicieron en el plazo establecido.
Los intendentes municipales que, por razones desconocidas, incumplieron con esta obligación en el plazo que dicta la norma son de los municipios de: Azotey, Belén, San Carlos del Apa, Sargento José Félix López, Arroyito, Nueva Germania, San Pablo, San Pedro del Ycuamandyyú, Yataity del Norte, Valenzuela, Borja, Capitán Mauricio José Troche, Independencia, Iturbe, Raúl Arsenio Oviedo, San Joaquín, 3 de Mayo, General Artigas, Jesús de Tavarangüé, Mayor Otaño, Nueva Alborada, San Juan del Paraná,
Santiago, Quyquyhó, Cerrito , General José Eduvigis Díaz, Humaitá, Mayor José De Jesús Martínez, Paso de Patria, Pilar, San Juan Bautista del Ñeembucú, Bella Vista Norte, Francisco Caballero Álvarez, La Paloma del Espíritu Santo, Ypejhú, Maracaná, Teniente 1º Manuel Irala Fernández, Bahía Negra, Fuerte Olimpo.