Ya en el 2006, los fiscales René Fernández y Liliana Alcaraz habían promovido una investigación por enriquecimiento ilícito contra el expresidente Nicanor Duarte Frutos, desde su cargo como ministro de Educación hasta el cierre de su período presidencial, 1999 al 2008, en el cual obtuvo un multimillonario incremento en sus bienes, que saltó de G. 773.000.000 a G. 2.779.000.000. Es decir que en diez años acumuló 2.000.000.000 de la moneda local estando en el Ministerio de Educación y la Presidencia.
En ese mismo año, 2006, la denuncia había sido desestimada por un juzgado, no se admitió ningún proceso en contra del exmandatario.
Tras la presentación del examen de correspondencia por parte del excontralor Octavio Airaldi en el 2008, los mismos fiscales René Fernández y Liliana Alcaraz habían solicitado la reapertura de la investigación iniciada en el 2006 por el elevado incremento en el patrimonio del expresidente de la República Nicanor Duarte Frutos, a quien le investigaban por enriquecimiento ilícito.
En aquel entonces, el juez Julián López dispuso que la reapertura de la causa sea solo de manera parcial, por un año de dicho período presidencial, de enero del 2007 a agosto del 2008. Sin embargo, los fiscales se aferraron a la idea de investigar todo lo que duró Duarte Frutos en la función pública, desentendiéndose de investigar ese período que el juez de primera instancia les facilitó.
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El Ministerio Público tuvo que apelar dicha resolución judicial ante un Tribunal de Alzada. Y fue así que la Cámara de Apelaciones, integrada por los jueces Agustín Lovera Cañete (amigo de Nicanor, que nombró al hijo de este Agustín Ezequiel en Yacyretá), Natividad Meza, quienes votaron en mayoría, con el voto disidente de José Waldir Servín, confirmó la resolución en primera instancia.
Este último camarista había votado por la prosecución de la investigación por los diez años que pidió la Fiscalía, ya que la investigación se había solo suspendido, no finiquitado.
Los fiscales Fernández y Alcaraz recurrieron de esa manera ante la máxima instancia judicial, donde presentaron una acción de inconstitucionalidad ante la Sala Constitucional de la Corte Suprema de Justicia, que posteriormente declaró inadmisible dicha acción.
Según René Fernández, actual ministro Anticorrupción, la máxima instancia judicial dijo que dicho tema ya se había investigado, por lo que no se podía reabrir. Sin embargo, la justicia les habilitó un período, pero eso quedó en la nada.
Cabe recordar que el examen de correspondencia en negativo remitido por el excontralor Octavio Airaldi consigna el significativo incremento patrimonial del expresidente Duarte Frutos, con saldos en bancos de hasta 12,5 veces más que los ingresos que percibía el mismo, millonarias inversiones inmobiliarias, etc.
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