En el marco de la investigación de presuntos delitos ambientales en el Pilcomayo, realizada por el Ministerio Público, las fiscalas contra delitos económicos y anticorrupción Yolanda Portillo y Nadine Portillo, imputaron al ex director de la Comisión Nacional de Regulación y Aprovechamiento Múltiple de la Cuenca del Pilcomayo, Daniel Garay Palacios. Los supervisores, Miguel Ferreira Parra y Atilio Medina, también serán investigados por el supuesto hecho punible de lesión de confianza.

La denuncia fue planteada por supuestas irregularidades en los trabajos realizados por medio de la licitación Nº 37/2014, en la cual establece la ampliación y profundización del canal del río Pilcomayo. También menciona la limpieza e interconexión de cañadas para la conducción de las aguas que ingresan al territorio nacional. El denunciante fue Aníbal Lovera, representante de la comunidad Margariño.

Una de las causas de la imputación fue por no haber elaborado el proyecto técnico que sustente la necesidad de los puntos de limpieza y no haber existido ninguna propuesta en ese sentido.

Al respecto, el fiscal general del Estado, Javier Díaz Verón, manifestó que "es una necesidad humana que las aguas vuelvan a entrar al país o por lo menos concretar todos los esfuerzos para que exista la posibilidad de que ingrese el agua a territorio paraguayo".